Церковь Николая Чудотворца, названная по своему месторасположению на берегу Оки Николо-Набережная, находится в самом центре Мурома. Она по праву считается одним из древнейших приходских храмов города. Первое упоминание о храме находится в документах 1566 г. В те годы напротив церкви находился «государев двор», в котором проживал царь Иван Грозный, отправляясь в военный поход на Казань. Тогда это была небольшая деревянная церковь с двумя приделами: в честь свв. Федора Стратилата и Козьмы и Демьяна. Главный источник дохода Никольской церкви составляли «озера и истоки», находившиеся в Муромском уезде. В 1636 г. у Никольской церкви находилось подворье Троице-Сергиева монастыря. Поблизости стоял двор боярина князя Ивана Алексеевича Воротынского – известного политического деятеля допетровской Руси. В 1680-е гг. он руководил Московским судным приказом.
В середине XVII столетия в приходе Николо-Набережной церкви проживало не менее 70 человек, что считалось немало для небольшого провинциального города той поры. В 1700 г. вместо ветхой деревянной церкви решили возвести новый добротный кирпичный храм. Строительство велось на средства московского священника Дмитрия Христофорова — сына бывшего иере́я муромской Никольской церкви попа Христофора. Новый храм строили долго, 17 лет. Препятствием к быстрому возведению церкви стал указ Петра I, временно запрещавший строительство каменных сооружений в России в связи со строительством Петербурга. В 1714 г. в храме установили новый ба́рочный иконостас. В нем разместили иконы, написанные в иконопи́сной мастерской муромского Благовещенского монастыря под руководством Казанцева. В 1716 г. иконостас вызолотили, а в 1717 г. храм был освящен по благословению преосвященного Стефа́на, митрополита Рязанского. В 1723 г. в приходе значилось 27 дворов, в которых проживало не менее 150 человек. Из них 5 семейств состояло в купечестве; 22 семейства кормилось «огородной и усадебной работой».
Ризница Николо-Набережной церкви имела немало древних предметов. Среди них особо почитаемая чудотворная икона Николая Мирликийского XVI в. До начала ХХ в. в церкви хранились два напрестольных Евангелия 1698 г. с серебряными вы́золоченными окладами. В алтаре лежал напрестольный серебряный чеканный крест 1698 г., а также серебряные вы́золоченные богослужебные сосуды, прило́женные в 1717 г. строителем храма священником Димитрием Христофоровым. Внешний облик нового храма имел много общего с архитектурным стилем других муромских церквей, возведенных в предшествующую эпоху. Николо-Набережная церковь имела подклет, традиционное пятиглавие, трехчастный алтарь с полукруглыми выступами и высокие окна в два ряда. В 1803 г. к основному объему храму пристроили тра́пезную, где вскоре (в 1809 г.) с северной стороны устроили придел в честь сошествия Святого Духа. В 1847 г. с южной стороны тра́пезной на средства прихожан соорудили новый придел в честь св. Власия, считавшегося покровителем стад. Последний факт не случаен: в конце XVIIIв. многие из прихожан Николо-Набережной церкви весьма активно занимались торговлей скотом. Примерно тогда же с западной стороны храма возвели невысокую восьмиугольную колокольню.
В 1840-е гг. на звоннице находилось семь колоколов, общим весом в 200 пудов – это 3.200 кг. Во 2-й половине XIX в. вокруг храма соорудили кирпичную ограду с красивыми высокими воротами. В 1890-е гг. в приходе числилось 194 души мужского пола и 185 женского. После революции 1917 г. Николо-Набережная церковь разделила участь многих храмов Мурома. До лета 1940 г. она находилась в ведении общины верующих. Новая власть отнесла храм к памятникам архитектуры 2-й категории, что спасло его от полного уничтожения. В 1990 г. было принято решение вернуть Николо-Набережную церковь Владимирской епархии. 19 декабря 1991 г., в день празднования Николая Чудотворца, при большом стечении народа храм торжественно освятил епископ Владимирский и Суздальский Евлогий. В июле 1993 г. в Никольскую церковь передали мощи святой праведной Иулиании Лазаревской (Муромской). Это одна из немногих русских женщин, причисленная к лику святых. В 2014 г. её мощи перенесли в село Лазарево, а в Никольской церкви установили ковчек с частичкой мощей этой широко почитаемой святой.